大日本農会、大日本山林会、大日本水産会の三会は、明治１６年、農商務省から同省所属の京橋区木挽町に土地、建物の貸与を受けて合同事務所としました。その後、明治２４年に現在地である赤坂区溜池町に移転し、明治３７年には第二次三会堂ビルを新築しましたが、大正１２年９月１日の関東大震災により焼失する悲運に際会しました。
　この時、大日本水産会の会員であった北洋漁業の先達石垣隈太郎翁から多額の寄附申出があり、大正１５年１月６日、財団法人石垣産業奨励会を設立し、昭和２年同地に当時として偉容を誇る鉄筋コンクリート６階建の三会堂ビルを建築しました。しかしこの建物も第二次世界大戦の兵火にかかり、昭和２０年５月２５日内部は灰燼と化し、戦後は米軍に接収されました。その後昭和３３年１０月に接収は解除され、昭和３４年から三会を始め農林水産関係団体が入居しました。
　越えて昭和３９年１２月１４日、財団法人石垣産業奨励会を発展的に改組改称して、財団法人農林水産奨励会を設立するとともに、地上９階、地下３階の鉄骨、鉄筋コンクリートの現在の三会堂ビルの建設が企画され、昭和４２年２月に竣工し、その後平成１２年には耐震工事を含む大規模リニューアル工事を実施しました。
　なお、公益法人改革に伴い、平成２５年４月１日一般財団法人農林水産奨励会と名称変更し今日に至っております。